pop.STR: C. African Republic - Biaka Pygmies
Study statistics
- Loci
- 70 Autosomal STRs
- Allele type
- Length-based alleles
- Sample size
- up to 21
- Population
-
Biaka Pygmies
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-
C. African Republic
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Bibliographic information
- Date published
- 2009
- Title
- Pop.STR—An Online Population Frequency Browser for Established and New Forensic STRs
- Authors
- Jorge Amigo, Christopher Phillips, Toño Salas, Luís Fernandez Formoso, Ángel Carracedo, and Maviky Lareu
- Journal
- Forensic Science International: Genetics Supplement Series
- License
- Public domain
- Abstract
-
We recently produced allele frequency data for 20 forensic STRs in more than 50 worldwide populations. The STRs characterized include 5 new European Standard Set (ESS) STRs where novel low frequency and intermediate-repeat genotypes found were confirmed by sequence analysis. Data for the 20 STRs has been collated into an open-access online frequency browser at: http://spsmart.cesga.es/popstr.php that allows users to combine populations into groups to generate re-calculated allele frequency estimates from the merged genotype data. The flexibility to combine populations in this way and the graphical summaries provided for each marker's allele frequencies offers the forensic analyst an informative system to consult STR variability in a global range of populations.
leapdna checks
- Normalized frequencies
-
🔴 Failed
This check verifies that allele frequencies for each locus add up to 1 within a specified tolerance.
Ran with tolerance = 0.001. Max. deviation from 1: -0.0020 at D14S1426.
- Misspelled locus names
-
🟢 Passed
Looks for common misspellings such as changing thee number 0 for the letter O.
Forensic parameters
Locus | # | MP | PI | Hobs | Hexp | PIC | PD | PE | HWE |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CSF1PO | 20 | - | - | 0.600 | 0.653 | - | - | - | - |
D10S1248 total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.714 | 0.780 | - | - | - | - |
D10S1435 | 20 | - | - | 0.800 | 0.746 | - | - | - | - |
D10S2325 | 21 | - | - | 0.762 | 0.797 | - | - | - | - |
D11S1304 total frequency: 1.001 | 21 | - | - | 0.714 | 0.756 | - | - | - | - |
D11S4463 | 21 | - | - | 0.952 | 0.776 | - | - | - | - |
D12ATA63 | 20 | - | - | 0.650 | 0.700 | - | - | - | - |
D12S297 | 20 | - | - | 0.850 | 0.831 | - | - | - | - |
D12S391 | 21 | - | - | 0.857 | 0.834 | - | - | - | - |
D13S317 | 20 | - | - | 0.650 | 0.584 | - | - | - | - |
D14S1426 total frequency: 0.998 | 19 | - | - | 0.842 | 0.727 | - | - | - | - |
D14S1434 total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.810 | 0.664 | - | - | - | - |
D15S822 | 21 | - | - | 0.810 | 0.832 | - | - | - | - |
D16S539 | 19 | - | - | 0.789 | 0.744 | - | - | - | - |
D17S1301 | 20 | - | - | 0.650 | 0.616 | - | - | - | - |
D17S974 | 20 | - | - | 0.750 | 0.721 | - | - | - | - |
D18S51 | 20 | - | - | 0.950 | 0.843 | - | - | - | - |
D19S433 | 20 | - | - | 0.900 | 0.848 | - | - | - | - |
D1S1627 | 21 | - | - | 0.857 | 0.807 | - | - | - | - |
D1S1656 total frequency: 1.002 | 21 | - | - | 0.857 | 0.853 | - | - | - | - |
D1S1677 | 21 | - | - | 0.857 | 0.807 | - | - | - | - |
D1S1679 | 20 | - | - | 0.950 | 0.841 | - | - | - | - |
D20S482 | 20 | - | - | 0.550 | 0.670 | - | - | - | - |
D21S102 total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.762 | 0.777 | - | - | - | - |
D21S11 | 20 | - | - | 0.900 | 0.870 | - | - | - | - |
D21S2055 | 21 | - | - | 0.810 | 0.866 | - | - | - | - |
D22S1045 | 21 | - | - | 0.905 | 0.770 | - | - | - | - |
D2S1338 | 20 | - | - | 0.850 | 0.789 | - | - | - | - |
D2S1360 total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.905 | 0.848 | - | - | - | - |
D2S1776 | 21 | - | - | 0.714 | 0.738 | - | - | - | - |
D2S427 | 21 | - | - | 0.810 | 0.703 | - | - | - | - |
D2S441 total frequency: 1.002 | 21 | - | - | 0.714 | 0.790 | - | - | - | - |
D3S1358 | 20 | - | - | 0.750 | 0.731 | - | - | - | - |
D3S1744 total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.810 | 0.822 | - | - | - | - |
D3S2406 total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.762 | 0.888 | - | - | - | - |
D3S3053 total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.619 | 0.723 | - | - | - | - |
D3S4529 | 21 | - | - | 0.619 | 0.663 | - | - | - | - |
D3S4545 | 20 | - | - | 0.750 | 0.736 | - | - | - | - |
D4S2364 | 21 | - | - | 0.667 | 0.500 | - | - | - | - |
D4S2366 | 21 | - | - | 0.810 | 0.787 | - | - | - | - |
D4S2408 | 20 | - | - | 0.800 | 0.768 | - | - | - | - |
D5S1457 | 21 | - | - | 0.810 | 0.765 | - | - | - | - |
D5S2500 total frequency: 0.998 | 21 | - | - | 0.857 | 0.827 | - | - | - | - |
D5S818 | 20 | - | - | 0.800 | 0.679 | - | - | - | - |
D6S1017 total frequency: 1.001 | 21 | - | - | 0.857 | 0.797 | - | - | - | - |
D6S1027 | 21 | - | - | 0.667 | 0.817 | - | - | - | - |
D6S1043 | 20 | - | - | 0.800 | 0.858 | - | - | - | - |
D6S474 | 21 | - | - | 0.429 | 0.580 | - | - | - | - |
D7S1517 total frequency: 1.001 | 21 | - | - | 0.952 | 0.842 | - | - | - | - |
D7S2201 | 21 | - | - | 0.667 | 0.670 | - | - | - | - |
D7S820 | 20 | - | - | 0.700 | 0.802 | - | - | - | - |
D8S1132 total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.857 | 0.847 | - | - | - | - |
D8S1179 | 20 | - | - | 0.750 | 0.704 | - | - | - | - |
D9S1118 | 18 | - | - | 0.778 | 0.793 | - | - | - | - |
D9S1120 | 21 | - | - | 0.762 | 0.686 | - | - | - | - |
D9S1122 | 21 | - | - | 0.714 | 0.720 | - | - | - | - |
D9S2157 | 20 | - | - | 0.850 | 0.834 | - | - | - | - |
F13A01 total frequency: 1.002 | 21 | - | - | 0.762 | 0.786 | - | - | - | - |
F13B total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.762 | 0.761 | - | - | - | - |
FESFPS | 21 | - | - | 0.857 | 0.782 | - | - | - | - |
FGA | 20 | - | - | 0.850 | 0.833 | - | - | - | - |
LPL total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.762 | 0.778 | - | - | - | - |
Penta_B | 21 | - | - | 0.810 | 0.824 | - | - | - | - |
Penta_C | 20 | - | - | 0.700 | 0.833 | - | - | - | - |
Penta_D total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.667 | 0.816 | - | - | - | - |
Penta_E | 21 | - | - | 0.857 | 0.872 | - | - | - | - |
SE33 | 21 | - | - | 0.762 | 0.887 | - | - | - | - |
TH01 | 20 | - | - | 0.350 | 0.469 | - | - | - | - |
TPOX | 20 | - | - | 0.650 | 0.681 | - | - | - | - |
vWA | 20 | - | - | 0.850 | 0.828 | - | - | - | - |
Allele frequencies
CSF1PO | D10S1248 | D10S1435 | D10S2325 | D11S1304 | D11S4463 | D12ATA63 | D12S297 | D12S391 | D13S317 | D14S1426 | D14S1434 | D15S822 | D16S539 | D17S1301 | D17S974 | D18S51 | D19S433 | D1S1627 | D1S1656 | D1S1677 | D1S1679 | D20S482 | D21S102 | D21S11 | D21S2055 | D22S1045 | D2S1338 | D2S1360 | D2S1776 | D2S427 | D2S441 | D3S1358 | D3S1744 | D3S2406 | D3S3053 | D3S4529 | D3S4545 | D4S2364 | D4S2366 | D4S2408 | D5S1457 | D5S2500 | D5S818 | D6S1017 | D6S1027 | D6S1043 | D6S474 | D7S1517 | D7S2201 | D7S820 | D8S1132 | D8S1179 | D9S1118 | D9S1120 | D9S1122 | D9S2157 | F13A01 | F13B | FESFPS | FGA | LPL | Penta_B | Penta_C | Penta_D | Penta_E | SE33 | TH01 | TPOX | vWA | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2.2 | 0.238 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3.2 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | 0.3 | 0.452 | 0.286 | 0.095 | 0.075 | 0.095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | 0.048 | 0.025 | 0.025 | 0.025 | 0.167 | 0.262 | 0.024 | 0.048 | 0.05 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 | 0.143 | 0.333 | 0.119 | 0.194 | 0.286 | 0.119 | 0.024 | 0.143 | 0.119 | 0.048 | 0.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
8 | 0.025 | 0.024 | 0.405 | 0.025 | 0.079 | 0.15 | 0.048 | 0.15 | 0.025 | 0.167 | 0.024 | 0.15 | 0.056 | 0.143 | 0.095 | 0.048 | 0.071 | 0.048 | 0.1 | 0.19 | 0.19 | 0.175 | 0.475 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
8.2 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
9 | 0.143 | 0.048 | 0.026 | 0.263 | 0.225 | 0.025 | 0.025 | 0.095 | 0.095 | 0.024 | 0.071 | 0.071 | 0.048 | 0.125 | 0.143 | 0.071 | 0.225 | 0.048 | 0.025 | 0.333 | 0.071 | 0.071 | 0.238 | 0.2 | 0.262 | 0.024 | 0.1 | 0.075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
9.1 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
10 | 0.475 | 0.167 | 0.167 | 0.026 | 0.119 | 0.132 | 0.025 | 0.15 | 0.275 | 0.214 | 0.143 | 0.119 | 0.167 | 0.024 | 0.167 | 0.643 | 0.31 | 0.175 | 0.19 | 0.1 | 0.119 | 0.262 | 0.167 | 0.225 | 0.048 | 0.225 | 0.024 | 0.19 | 0.238 | 0.357 | 0.286 | 0.125 | 0.071 | 0.071 | 0.25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
10.1 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
10.3 | 0.028 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11 | 0.3 | 0.1 | 0.333 | 0.024 | 0.25 | 0.263 | 0.2 | 0.425 | 0.075 | 0.238 | 0.048 | 0.024 | 0.1 | 0.381 | 0.238 | 0.333 | 0.286 | 0.357 | 0.286 | 0.214 | 0.375 | 0.262 | 0.15 | 0.024 | 0.071 | 0.214 | 0.15 | 0.025 | 0.357 | 0.225 | 0.024 | 0.262 | 0.048 | 0.024 | 0.275 | 0.024 | 0.048 | 0.025 | 0.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||
11.1 | 0.048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11.2 | 0.238 | 0.048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11.3 | 0.024 | 0.048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12 | 0.175 | 0.19 | 0.425 | 0.143 | 0.143 | 0.375 | 0.1 | 0.575 | 0.368 | 0.024 | 0.316 | 0.55 | 0.05 | 0.075 | 0.119 | 0.214 | 0.025 | 0.19 | 0.333 | 0.286 | 0.333 | 0.024 | 0.071 | 0.15 | 0.167 | 0.071 | 0.475 | 0.167 | 0.143 | 0.15 | 0.5 | 0.225 | 0.05 | 0.19 | 0.1 | 0.286 | 0.238 | 0.095 | 0.125 | 0.095 | 0.167 | |||||||||||||||||||||||||||||
12.2 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12.3 | 0.119 | 0.119 | 0.278 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
13 | 0.025 | 0.31 | 0.2 | 0.024 | 0.095 | 0.075 | 0.15 | 0.15 | 0.342 | 0.333 | 0.071 | 0.026 | 0.2 | 0.075 | 0.1 | 0.167 | 0.167 | 0.048 | 0.25 | 0.024 | 0.024 | 0.071 | 0.048 | 0.048 | 0.286 | 0.071 | 0.25 | 0.024 | 0.167 | 0.025 | 0.119 | 0.024 | 0.175 | 0.333 | 0.15 | 0.024 | 0.048 | 0.071 | 0.024 | 0.05 | 0.071 | 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||
13.2 | 0.175 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
13.3 | 0.026 | 0.143 | 0.194 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
14 | 0.19 | 0.1 | 0.095 | 0.357 | 0.1 | 0.075 | 0.105 | 0.452 | 0.333 | 0.025 | 0.075 | 0.125 | 0.214 | 0.143 | 0.214 | 0.5 | 0.167 | 0.125 | 0.119 | 0.19 | 0.31 | 0.071 | 0.024 | 0.214 | 0.075 | 0.048 | 0.024 | 0.475 | 0.048 | 0.024 | 0.125 | 0.024 | 0.024 | 0.05 | 0.048 | 0.125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
14.2 | 0.025 | 0.028 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
14.3 | 0.238 | 0.222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
15 | 0.214 | 0.1 | 0.19 | 0.214 | 0.375 | 0.175 | 0.071 | 0.026 | 0.071 | 0.15 | 0.048 | 0.167 | 0.262 | 0.075 | 0.095 | 0.024 | 0.3 | 0.19 | 0.524 | 0.095 | 0.214 | 0.1 | 0.119 | 0.175 | 0.19 | 0.025 | 0.024 | 0.175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
15.2 | 0.075 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
15.3 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
16 | 0.071 | 0.05 | 0.048 | 0.143 | 0.05 | 0.025 | 0.071 | 0.048 | 0.1 | 0.167 | 0.143 | 0.025 | 0.286 | 0.075 | 0.35 | 0.19 | 0.095 | 0.071 | 0.619 | 0.119 | 0.075 | 0.476 | 0.125 | 0.024 | 0.071 | 0.048 | 0.275 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
16.2 | 0.05 | 0.024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
16.3 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
17 | 0.025 | 0.048 | 0.024 | 0.025 | 0.075 | 0.167 | 0.095 | 0.225 | 0.143 | 0.095 | 0.1 | 0.262 | 0.048 | 0.2 | 0.238 | 0.119 | 0.15 | 0.071 | 0.024 | 0.19 | 0.025 | 0.214 | 0.024 | 0.119 | 0.125 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
17.3 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
18 | 0.025 | 0.262 | 0.095 | 0.2 | 0.075 | 0.075 | 0.119 | 0.048 | 0.175 | 0.024 | 0.167 | 0.048 | 0.143 | 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
19 | 0.025 | 0.095 | 0.048 | 0.15 | 0.05 | 0.225 | 0.143 | 0.2 | 0.19 | 0.095 | 0.05 | 0.19 | 0.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
19.1 | 0.025 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
20 | 0.05 | 0.214 | 0.2 | 0.1 | 0.119 | 0.119 | 0.025 | 0.024 | 0.05 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
20.3 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
21 | 0.048 | 0.025 | 0.05 | 0.325 | 0.071 | 0.025 | 0.071 | 0.214 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
21.1 | 0.025 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
21.3 | 0.048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
22 | 0.024 | 0.15 | 0.048 | 0.025 | 0.119 | 0.024 | 0.225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
22.2 | 0.05 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
22.3 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
23 | 0.024 | 0.225 | 0.05 | 0.143 | 0.024 | 0.071 | 0.125 | 0.024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
23.3 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
24 | 0.024 | 0.025 | 0.024 | 0.025 | 0.214 | 0.167 | 0.024 | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
24.2 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
24.3 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
25 | 0.25 | 0.071 | 0.214 | 0.262 | 0.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
26 | 0.025 | 0.071 | 0.095 | 0.025 | 0.048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
27 | 0.095 | 0.45 | 0.024 | 0.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
27.1 | 0.025 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
27.2 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
28 | 0.175 | 0.175 | 0.024 | 0.025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
29 | 0.15 | 0.024 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
29.2 | 0.095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
30 | 0.125 | 0.143 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
30.2 | 0.025 | 0.024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
30.3 | 0.025 | 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
31 | 0.125 | 0.071 | 0.071 | 0.024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
31.2 | 0.025 | 0.024 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
31.3 | 0.048 | 0.025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
32 | 0.262 | 0.095 | 0.025 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
32.2 | 0.075 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
32.3 | 0.05 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
33 | 0.119 | 0.095 | 0.025 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
33.1 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
34 | 0.15 | 0.095 | 0.214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
35 | 0.125 | 0.119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
35.3 | 0.05 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
36 | 0.048 | 0.071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
37 | 0.024 | 0.119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
38 | 0.071 |