pop.STR: China - Naxi
Study statistics
- Loci
- 70 Autosomal STRs
- Allele type
- Length-based alleles
- Sample size
- up to 7
- Population
-
Naxi
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-
China
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Bibliographic information
- Date published
- 2009
- Title
- Pop.STR—An Online Population Frequency Browser for Established and New Forensic STRs
- Authors
- Jorge Amigo, Christopher Phillips, Toño Salas, Luís Fernandez Formoso, Ángel Carracedo, and Maviky Lareu
- Journal
- Forensic Science International: Genetics Supplement Series
- License
- Public domain
- Abstract
-
We recently produced allele frequency data for 20 forensic STRs in more than 50 worldwide populations. The STRs characterized include 5 new European Standard Set (ESS) STRs where novel low frequency and intermediate-repeat genotypes found were confirmed by sequence analysis. Data for the 20 STRs has been collated into an open-access online frequency browser at: http://spsmart.cesga.es/popstr.php that allows users to combine populations into groups to generate re-calculated allele frequency estimates from the merged genotype data. The flexibility to combine populations in this way and the graphical summaries provided for each marker's allele frequencies offers the forensic analyst an informative system to consult STR variability in a global range of populations.
leapdna checks
- Normalized frequencies
-
🔴 Failed
This check verifies that allele frequencies for each locus add up to 1 within a specified tolerance.
Ran with tolerance = 0.001. Max. deviation from 1: -0.0030 at D7S1517.
- Misspelled locus names
-
🟢 Passed
Looks for common misspellings such as changing thee number 0 for the letter O.
Forensic parameters
Locus | # | MP | PI | Hobs | Hexp | PIC | PD | PE | HWE |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CSF1PO | 7 | - | - | 0.857 | 0.704 | - | - | - | - |
D10S1248 | 7 | - | - | 0.714 | 0.571 | - | - | - | - |
D10S1435 | 7 | - | - | 1.000 | 0.786 | - | - | - | - |
D10S2325 | 7 | - | - | 0.571 | 0.745 | - | - | - | - |
D11S1304 | 5 | - | - | 0.400 | 0.480 | - | - | - | - |
D11S4463 | 7 | - | - | 0.714 | 0.684 | - | - | - | - |
D12ATA63 total frequency: 0.998 | 7 | - | - | 0.857 | 0.745 | - | - | - | - |
D12S297 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.857 | 0.735 | - | - | - | - |
D12S391 total frequency: 0.998 | 7 | - | - | 0.857 | 0.765 | - | - | - | - |
D13S317 | 7 | - | - | 0.714 | 0.765 | - | - | - | - |
D14S1426 | 7 | - | - | 1.000 | 0.806 | - | - | - | - |
D14S1434 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.571 | 0.531 | - | - | - | - |
D15S822 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.571 | 0.714 | - | - | - | - |
D16S539 | 7 | - | - | 0.714 | 0.704 | - | - | - | - |
D17S1301 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.857 | 0.776 | - | - | - | - |
D17S974 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.857 | 0.694 | - | - | - | - |
D18S51 | 6 | - | - | 0.667 | 0.792 | - | - | - | - |
D19S433 | 7 | - | - | 0.714 | 0.643 | - | - | - | - |
D1S1627 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.571 | 0.541 | - | - | - | - |
D1S1656 | 7 | - | - | 0.857 | 0.786 | - | - | - | - |
D1S1677 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.571 | 0.602 | - | - | - | - |
D1S1679 | 5 | - | - | 1.000 | 0.760 | - | - | - | - |
D20S482 | 7 | - | - | 0.857 | 0.663 | - | - | - | - |
D21S102 | 6 | - | - | 0.667 | 0.653 | - | - | - | - |
D21S11 | 7 | - | - | 0.857 | 0.806 | - | - | - | - |
D21S2055 total frequency: 0.998 | 7 | - | - | 1.000 | 0.847 | - | - | - | - |
D22S1045 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.857 | 0.796 | - | - | - | - |
D2S1338 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.857 | 0.755 | - | - | - | - |
D2S1360 | 7 | - | - | 0.429 | 0.541 | - | - | - | - |
D2S1776 total frequency: 0.999 | 6 | - | - | 0.833 | 0.667 | - | - | - | - |
D2S427 | 7 | - | - | 0.571 | 0.663 | - | - | - | - |
D2S441 | 7 | - | - | 0.857 | 0.745 | - | - | - | - |
D3S1358 | 7 | - | - | 0.714 | 0.663 | - | - | - | - |
D3S1744 | 7 | - | - | 0.571 | 0.663 | - | - | - | - |
D3S2406 total frequency: 0.998 | 7 | - | - | 1.000 | 0.847 | - | - | - | - |
D3S3053 | 7 | - | - | 1.000 | 0.663 | - | - | - | - |
D3S4529 | 7 | - | - | 0.714 | 0.724 | - | - | - | - |
D3S4545 | 7 | - | - | 0.286 | 0.684 | - | - | - | - |
D4S2364 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.571 | 0.735 | - | - | - | - |
D4S2366 | 7 | - | - | 0.857 | 0.704 | - | - | - | - |
D4S2408 | 7 | - | - | 0.429 | 0.663 | - | - | - | - |
D5S1457 | 7 | - | - | 0.714 | 0.684 | - | - | - | - |
D5S2500 | 7 | - | - | 0.571 | 0.704 | - | - | - | - |
D5S818 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.857 | 0.755 | - | - | - | - |
D6S1017 total frequency: 0.999 | 6 | - | - | 0.833 | 0.611 | - | - | - | - |
D6S1027 total frequency: 0.998 | 7 | - | - | 0.857 | 0.765 | - | - | - | - |
D6S1043 | 5 | - | - | 0.600 | 0.580 | - | - | - | - |
D6S474 | 7 | - | - | 0.429 | 0.500 | - | - | - | - |
D7S1517 total frequency: 0.997 | 7 | - | - | 1.000 | 0.837 | - | - | - | - |
D7S2201 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.571 | 0.541 | - | - | - | - |
D7S820 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.857 | 0.796 | - | - | - | - |
D8S1132 total frequency: 0.998 | 7 | - | - | 1.000 | 0.724 | - | - | - | - |
D8S1179 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.857 | 0.816 | - | - | - | - |
D9S1118 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.857 | 0.776 | - | - | - | - |
D9S1120 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.857 | 0.653 | - | - | - | - |
D9S1122 total frequency: 0.999 | 6 | - | - | 0.333 | 0.583 | - | - | - | - |
D9S2157 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.857 | 0.776 | - | - | - | - |
F13A01 | 6 | - | - | 0.833 | 0.681 | - | - | - | - |
F13B | 6 | - | - | 0.333 | 0.278 | - | - | - | - |
FESFPS | 6 | - | - | 0.500 | 0.486 | - | - | - | - |
FGA | 6 | - | - | 0.833 | 0.722 | - | - | - | - |
LPL | 5 | - | - | 0.600 | 0.540 | - | - | - | - |
Penta_B | 6 | - | - | 0.667 | 0.750 | - | - | - | - |
Penta_C | 5 | - | - | 1.000 | 0.740 | - | - | - | - |
Penta_D total frequency: 1.001 | 6 | - | - | 1.000 | 0.819 | - | - | - | - |
Penta_E total frequency: 0.999 | 6 | - | - | 1.000 | 0.847 | - | - | - | - |
SE33 total frequency: 0.998 | 7 | - | - | 1.000 | 0.867 | - | - | - | - |
TH01 total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.571 | 0.531 | - | - | - | - |
TPOX | 7 | - | - | 0.429 | 0.622 | - | - | - | - |
vWA total frequency: 0.999 | 7 | - | - | 0.571 | 0.755 | - | - | - | - |
Allele frequencies
CSF1PO | D10S1248 | D10S1435 | D10S2325 | D11S1304 | D11S4463 | D12ATA63 | D12S297 | D12S391 | D13S317 | D14S1426 | D14S1434 | D15S822 | D16S539 | D17S1301 | D17S974 | D18S51 | D19S433 | D1S1627 | D1S1656 | D1S1677 | D1S1679 | D20S482 | D21S102 | D21S11 | D21S2055 | D22S1045 | D2S1338 | D2S1360 | D2S1776 | D2S427 | D2S441 | D3S1358 | D3S1744 | D3S2406 | D3S3053 | D3S4529 | D3S4545 | D4S2364 | D4S2366 | D4S2408 | D5S1457 | D5S2500 | D5S818 | D6S1017 | D6S1027 | D6S1043 | D6S474 | D7S1517 | D7S2201 | D7S820 | D8S1132 | D8S1179 | D9S1118 | D9S1120 | D9S1122 | D9S2157 | F13A01 | F13B | FESFPS | FGA | LPL | Penta_B | Penta_C | Penta_D | Penta_E | SE33 | TH01 | TPOX | vWA | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3.2 | 0.333 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | 0.167 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | 0.429 | 0.083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | 0.417 | 0.071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 | 0.357 | 0.071 | 0.143 | 0.071 | 0.167 | 0.643 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
8 | 0.6 | 0.286 | 0.143 | 0.071 | 0.071 | 0.143 | 0.083 | 0.357 | 0.214 | 0.167 | 0.083 | 0.2 | 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
8.2 | 0.214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
9 | 0.143 | 0.071 | 0.143 | 0.071 | 0.071 | 0.357 | 0.083 | 0.214 | 0.286 | 0.5 | 0.083 | 0.071 | 0.167 | 0.2 | 0.167 | 0.214 | 0.214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
9.3 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
10 | 0.143 | 0.071 | 0.286 | 0.071 | 0.071 | 0.286 | 0.071 | 0.357 | 0.071 | 0.333 | 0.286 | 0.357 | 0.286 | 0.143 | 0.214 | 0.143 | 0.583 | 0.214 | 0.143 | 0.833 | 0.6 | 0.167 | 0.083 | 0.083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
10.3 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11 | 0.286 | 0.286 | 0.214 | 0.071 | 0.357 | 0.143 | 0.214 | 0.071 | 0.417 | 0.214 | 0.25 | 0.357 | 0.071 | 0.357 | 0.429 | 0.143 | 0.429 | 0.214 | 0.214 | 0.6 | 0.357 | 0.286 | 0.214 | 0.083 | 0.583 | 0.1 | 0.417 | 0.3 | 0.167 | 0.083 | 0.286 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11.3 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12 | 0.429 | 0.286 | 0.286 | 0.071 | 0.071 | 0.143 | 0.214 | 0.286 | 0.357 | 0.071 | 0.25 | 0.5 | 0.071 | 0.429 | 0.071 | 0.071 | 0.429 | 0.214 | 0.357 | 0.167 | 0.214 | 0.571 | 0.143 | 0.143 | 0.25 | 0.417 | 0.3 | 0.083 | 0.3 | 0.167 | 0.25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12.2 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12.3 | 0.143 | 0.071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
13 | 0.071 | 0.571 | 0.071 | 0.214 | 0.143 | 0.286 | 0.214 | 0.214 | 0.333 | 0.5 | 0.357 | 0.143 | 0.357 | 0.083 | 0.143 | 0.143 | 0.214 | 0.071 | 0.214 | 0.083 | 0.286 | 0.071 | 0.071 | 0.583 | 0.214 | 0.25 | 0.083 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
13.3 | 0.429 | 0.357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
14 | 0.071 | 0.143 | 0.143 | 0.143 | 0.429 | 0.071 | 0.143 | 0.643 | 0.071 | 0.143 | 0.083 | 0.286 | 0.571 | 0.143 | 0.571 | 0.429 | 0.071 | 0.083 | 0.143 | 0.071 | 0.286 | 0.071 | 0.286 | 0.071 | 0.643 | 0.214 | 0.083 | 0.214 | 0.214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
14.2 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
14.3 | 0.357 | 0.214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
15 | 0.286 | 0.143 | 0.286 | 0.214 | 0.071 | 0.167 | 0.357 | 0.143 | 0.143 | 0.214 | 0.357 | 0.143 | 0.143 | 0.143 | 0.071 | 0.071 | 0.214 | 0.214 | 0.286 | 0.083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
15.3 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
16 | 0.071 | 0.071 | 0.071 | 0.286 | 0.167 | 0.143 | 0.214 | 0.286 | 0.429 | 0.357 | 0.214 | 0.2 | 0.071 | 0.5 | 0.214 | 0.167 | 0.071 | 0.143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
16.1 | 0.286 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
17 | 0.4 | 0.429 | 0.071 | 0.429 | 0.167 | 0.071 | 0.143 | 0.143 | 0.5 | 0.071 | 0.071 | 0.071 | 0.214 | 0.083 | 0.357 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
17.3 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
18 | 0.071 | 0.071 | 0.083 | 0.071 | 0.071 | 0.214 | 0.1 | 0.071 | 0.357 | 0.167 | 0.214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
19 | 0.214 | 0.357 | 0.3 | 0.143 | 0.1 | 0.357 | 0.071 | 0.083 | 0.143 | 0.071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
19.3 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
20 | 0.071 | 0.071 | 0.071 | 0.071 | 0.214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
21 | 0.071 | 0.2 | 0.143 | 0.143 | 0.214 | 0.071 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
21.2 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
21.3 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
22 | 0.286 | 0.1 | 0.643 | 0.214 | 0.071 | 0.083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
22.3 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
23 | 0.1 | 0.071 | 0.143 | 0.071 | 0.25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
24 | 0.071 | 0.3 | 0.429 | 0.071 | 0.071 | 0.417 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
25 | 0.143 | 0.143 | 0.071 | 0.214 | 0.083 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
25.2 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
26 | 0.071 | 0.071 | 0.071 | 0.167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
26.2 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
27 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
29 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
29.2 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
30 | 0.286 | 0.071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
30.2 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
30.3 | 0.286 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
31 | 0.143 | 0.071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
31.2 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
31.3 | 0.214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
32 | 0.071 | 0.143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
32.2 | 0.214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
32.3 | 0.429 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
33 | 0.071 | 0.071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
33.2 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
33.3 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
34 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
35 | 0.143 | 0.071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
36 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
37 | 0.214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
38 | 0.214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
39 | 0.071 |