pop.STR: Senegal - Mandenka
Study statistics
- Loci
- 70 Autosomal STRs
- Allele type
- Length-based alleles
- Sample size
- up to 22
- Population
-
Mandenka
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-
Senegal
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Bibliographic information
- Date published
- 2009
- Title
- Pop.STR—An Online Population Frequency Browser for Established and New Forensic STRs
- Authors
- Jorge Amigo, Christopher Phillips, Toño Salas, Luís Fernandez Formoso, Ángel Carracedo, and Maviky Lareu
- Journal
- Forensic Science International: Genetics Supplement Series
- License
- Public domain
- Abstract
-
We recently produced allele frequency data for 20 forensic STRs in more than 50 worldwide populations. The STRs characterized include 5 new European Standard Set (ESS) STRs where novel low frequency and intermediate-repeat genotypes found were confirmed by sequence analysis. Data for the 20 STRs has been collated into an open-access online frequency browser at: http://spsmart.cesga.es/popstr.php that allows users to combine populations into groups to generate re-calculated allele frequency estimates from the merged genotype data. The flexibility to combine populations in this way and the graphical summaries provided for each marker's allele frequencies offers the forensic analyst an informative system to consult STR variability in a global range of populations.
leapdna checks
- Normalized frequencies
-
🔴 Failed
This check verifies that allele frequencies for each locus add up to 1 within a specified tolerance.
Ran with tolerance = 0.001. Max. deviation from 1: 0.0020 at D11S1304.
- Misspelled locus names
-
🟢 Passed
Looks for common misspellings such as changing thee number 0 for the letter O.
Forensic parameters
Locus | # | MP | PI | Hobs | Hexp | PIC | PD | PE | HWE |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CSF1PO total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.952 | 0.755 | - | - | - | - |
D10S1248 total frequency: 1.001 | 21 | - | - | 0.667 | 0.747 | - | - | - | - |
D10S1435 | 22 | - | - | 0.682 | 0.731 | - | - | - | - |
D10S2325 | 22 | - | - | 0.909 | 0.841 | - | - | - | - |
D11S1304 total frequency: 1.002 | 22 | - | - | 0.818 | 0.853 | - | - | - | - |
D11S4463 | 22 | - | - | 0.818 | 0.756 | - | - | - | - |
D12ATA63 total frequency: 1.001 | 22 | - | - | 0.818 | 0.763 | - | - | - | - |
D12S297 | 22 | - | - | 0.727 | 0.696 | - | - | - | - |
D12S391 | 21 | - | - | 0.857 | 0.800 | - | - | - | - |
D13S317 | 21 | - | - | 0.762 | 0.688 | - | - | - | - |
D14S1426 | 22 | - | - | 0.591 | 0.746 | - | - | - | - |
D14S1434 | 21 | - | - | 0.810 | 0.709 | - | - | - | - |
D15S822 | 19 | - | - | 0.895 | 0.873 | - | - | - | - |
D16S539 | 20 | - | - | 0.950 | 0.746 | - | - | - | - |
D17S1301 total frequency: 1.001 | 21 | - | - | 0.571 | 0.512 | - | - | - | - |
D17S974 | 22 | - | - | 0.636 | 0.772 | - | - | - | - |
D18S51 | 19 | - | - | 0.842 | 0.860 | - | - | - | - |
D19S433 total frequency: 1.002 | 21 | - | - | 0.810 | 0.773 | - | - | - | - |
D1S1627 | 22 | - | - | 0.818 | 0.757 | - | - | - | - |
D1S1656 | 21 | - | - | 0.714 | 0.817 | - | - | - | - |
D1S1677 total frequency: 1.001 | 21 | - | - | 0.810 | 0.745 | - | - | - | - |
D1S1679 | 21 | - | - | 0.810 | 0.838 | - | - | - | - |
D20S482 | 20 | - | - | 0.750 | 0.671 | - | - | - | - |
D21S102 total frequency: 0.999 | 22 | - | - | 0.818 | 0.764 | - | - | - | - |
D21S11 total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.810 | 0.844 | - | - | - | - |
D21S2055 | 22 | - | - | 0.818 | 0.876 | - | - | - | - |
D22S1045 | 21 | - | - | 0.571 | 0.769 | - | - | - | - |
D2S1338 total frequency: 0.999 | 21 | - | - | 0.952 | 0.878 | - | - | - | - |
D2S1360 total frequency: 1.002 | 22 | - | - | 0.864 | 0.813 | - | - | - | - |
D2S1776 | 18 | - | - | 0.722 | 0.725 | - | - | - | - |
D2S427 | 21 | - | - | 0.667 | 0.717 | - | - | - | - |
D2S441 | 21 | - | - | 0.810 | 0.741 | - | - | - | - |
D3S1358 | 21 | - | - | 0.810 | 0.730 | - | - | - | - |
D3S1744 | 22 | - | - | 0.727 | 0.763 | - | - | - | - |
D3S2406 total frequency: 0.998 | 22 | - | - | 0.864 | 0.876 | - | - | - | - |
D3S3053 | 18 | - | - | 0.667 | 0.613 | - | - | - | - |
D3S4529 | 22 | - | - | 0.591 | 0.726 | - | - | - | - |
D3S4545 | 22 | - | - | 0.955 | 0.883 | - | - | - | - |
D4S2364 | 22 | - | - | 0.409 | 0.346 | - | - | - | - |
D4S2366 | 22 | - | - | 0.591 | 0.719 | - | - | - | - |
D4S2408 | 22 | - | - | 0.727 | 0.696 | - | - | - | - |
D5S1457 | 22 | - | - | 0.818 | 0.738 | - | - | - | - |
D5S2500 | 22 | - | - | 0.818 | 0.835 | - | - | - | - |
D5S818 | 21 | - | - | 0.810 | 0.755 | - | - | - | - |
D6S1017 total frequency: 1.001 | 22 | - | - | 0.909 | 0.815 | - | - | - | - |
D6S1027 total frequency: 0.998 | 22 | - | - | 0.773 | 0.776 | - | - | - | - |
D6S1043 total frequency: 1.002 | 22 | - | - | 0.818 | 0.862 | - | - | - | - |
D6S474 | 22 | - | - | 0.682 | 0.769 | - | - | - | - |
D7S1517 | 22 | - | - | 0.864 | 0.854 | - | - | - | - |
D7S2201 | 22 | - | - | 0.727 | 0.686 | - | - | - | - |
D7S820 | 21 | - | - | 0.667 | 0.754 | - | - | - | - |
D8S1132 total frequency: 0.999 | 22 | - | - | 0.955 | 0.871 | - | - | - | - |
D8S1179 | 21 | - | - | 0.714 | 0.786 | - | - | - | - |
D9S1118 total frequency: 1.002 | 22 | - | - | 0.818 | 0.855 | - | - | - | - |
D9S1120 | 22 | - | - | 0.864 | 0.739 | - | - | - | - |
D9S1122 | 22 | - | - | 0.636 | 0.667 | - | - | - | - |
D9S2157 total frequency: 0.999 | 22 | - | - | 0.864 | 0.834 | - | - | - | - |
F13A01 | 22 | - | - | 0.955 | 0.803 | - | - | - | - |
F13B | 22 | - | - | 0.682 | 0.617 | - | - | - | - |
FESFPS | 21 | - | - | 0.762 | 0.745 | - | - | - | - |
FGA | 20 | - | - | 0.900 | 0.823 | - | - | - | - |
LPL | 22 | - | - | 0.727 | 0.731 | - | - | - | - |
Penta_B total frequency: 0.998 | 22 | - | - | 0.818 | 0.860 | - | - | - | - |
Penta_C | 22 | - | - | 0.727 | 0.719 | - | - | - | - |
Penta_D total frequency: 1.002 | 22 | - | - | 0.909 | 0.850 | - | - | - | - |
Penta_E total frequency: 0.999 | 22 | - | - | 0.818 | 0.889 | - | - | - | - |
SE33 total frequency: 1.002 | 22 | - | - | 1.000 | 0.913 | - | - | - | - |
TH01 | 21 | - | - | 0.667 | 0.752 | - | - | - | - |
TPOX | 21 | - | - | 0.952 | 0.808 | - | - | - | - |
vWA | 21 | - | - | 0.762 | 0.817 | - | - | - | - |
Allele frequencies
CSF1PO | D10S1248 | D10S1435 | D10S2325 | D11S1304 | D11S4463 | D12ATA63 | D12S297 | D12S391 | D13S317 | D14S1426 | D14S1434 | D15S822 | D16S539 | D17S1301 | D17S974 | D18S51 | D19S433 | D1S1627 | D1S1656 | D1S1677 | D1S1679 | D20S482 | D21S102 | D21S11 | D21S2055 | D22S1045 | D2S1338 | D2S1360 | D2S1776 | D2S427 | D2S441 | D3S1358 | D3S1744 | D3S2406 | D3S3053 | D3S4529 | D3S4545 | D4S2364 | D4S2366 | D4S2408 | D5S1457 | D5S2500 | D5S818 | D6S1017 | D6S1027 | D6S1043 | D6S474 | D7S1517 | D7S2201 | D7S820 | D8S1132 | D8S1179 | D9S1118 | D9S1120 | D9S1122 | D9S2157 | F13A01 | F13B | FESFPS | FGA | LPL | Penta_B | Penta_C | Penta_D | Penta_E | SE33 | TH01 | TPOX | vWA | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2.2 | 0.273 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3.2 | 0.091 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | 0.136 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 | 0.5 | 0.429 | 0.341 | 0.045 | 0.136 | 0.045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
6 | 0.136 | 0.182 | 0.024 | 0.159 | 0.568 | 0.071 | 0.143 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
7 | 0.119 | 0.182 | 0.023 | 0.091 | 0.182 | 0.045 | 0.048 | 0.114 | 0.136 | 0.159 | 0.182 | 0.024 | 0.114 | 0.023 | 0.023 | 0.31 | 0.048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
8 | 0.214 | 0.023 | 0.205 | 0.048 | 0.023 | 0.091 | 0.114 | 0.071 | 0.273 | 0.182 | 0.023 | 0.262 | 0.023 | 0.045 | 0.091 | 0.119 | 0.068 | 0.091 | 0.136 | 0.31 | 0.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
8.2 | 0.295 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
9 | 0.024 | 0.114 | 0.205 | 0.045 | 0.2 | 0.205 | 0.114 | 0.111 | 0.114 | 0.114 | 0.114 | 0.023 | 0.136 | 0.159 | 0.023 | 0.071 | 0.023 | 0.136 | 0.024 | 0.114 | 0.227 | 0.205 | 0.023 | 0.091 | 0.214 | 0.262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
9.3 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
10 | 0.071 | 0.182 | 0.023 | 0.023 | 0.023 | 0.262 | 0.125 | 0.227 | 0.024 | 0.159 | 0.024 | 0.025 | 0.386 | 0.024 | 0.028 | 0.024 | 0.194 | 0.795 | 0.432 | 0.205 | 0.023 | 0.182 | 0.071 | 0.182 | 0.386 | 0.25 | 0.333 | 0.024 | 0.045 | 0.091 | 0.023 | 0.238 | 0.341 | 0.136 | 0.023 | 0.114 | 0.136 | 0.024 | 0.19 | |||||||||||||||||||||||||||||||
10.2 | 0.023 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
10.3 | 0.024 | 0.136 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11 | 0.262 | 0.024 | 0.091 | 0.205 | 0.023 | 0.045 | 0.381 | 0.045 | 0.4 | 0.143 | 0.341 | 0.026 | 0.048 | 0.136 | 0.024 | 0.025 | 0.205 | 0.119 | 0.361 | 0.405 | 0.194 | 0.091 | 0.159 | 0.477 | 0.227 | 0.286 | 0.045 | 0.205 | 0.386 | 0.238 | 0.071 | 0.159 | 0.273 | 0.405 | 0.068 | 0.136 | 0.409 | 0.091 | 0.023 | 0.167 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||
11.1 | 0.045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11.2 | 0.068 | 0.023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
11.3 | 0.024 | 0.095 | 0.114 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12 | 0.333 | 0.119 | 0.364 | 0.136 | 0.091 | 0.114 | 0.045 | 0.357 | 0.205 | 0.095 | 0.053 | 0.15 | 0.667 | 0.045 | 0.119 | 0.091 | 0.048 | 0.024 | 0.05 | 0.159 | 0.048 | 0.306 | 0.071 | 0.556 | 0.023 | 0.227 | 0.091 | 0.295 | 0.114 | 0.31 | 0.114 | 0.159 | 0.023 | 0.318 | 0.048 | 0.167 | 0.5 | 0.182 | 0.119 | 0.341 | 0.068 | 0.25 | 0.114 | 0.091 | ||||||||||||||||||||||||||
12.1 | 0.045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12.2 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
12.3 | 0.262 | 0.114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
13 | 0.119 | 0.273 | 0.023 | 0.023 | 0.318 | 0.114 | 0.182 | 0.19 | 0.364 | 0.262 | 0.125 | 0.143 | 0.079 | 0.381 | 0.273 | 0.214 | 0.167 | 0.25 | 0.045 | 0.194 | 0.095 | 0.056 | 0.045 | 0.273 | 0.068 | 0.238 | 0.114 | 0.091 | 0.114 | 0.364 | 0.119 | 0.227 | 0.045 | 0.023 | 0.071 | 0.136 | 0.159 | 0.091 | 0.114 | 0.182 | 0.023 | |||||||||||||||||||||||||||||
13.2 | 0.053 | 0.048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
13.3 | 0.095 | 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
14 | 0.405 | 0.227 | 0.114 | 0.295 | 0.205 | 0.114 | 0.024 | 0.273 | 0.381 | 0.184 | 0.048 | 0.053 | 0.238 | 0.341 | 0.286 | 0.214 | 0.5 | 0.071 | 0.262 | 0.119 | 0.023 | 0.182 | 0.114 | 0.045 | 0.024 | 0.045 | 0.023 | 0.182 | 0.381 | 0.159 | 0.068 | 0.045 | 0.023 | 0.091 | 0.023 | 0.143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
14.2 | 0.048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
14.3 | 0.143 | 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
15 | 0.238 | 0.068 | 0.205 | 0.386 | 0.045 | 0.095 | 0.158 | 0.024 | 0.119 | 0.405 | 0.1 | 0.238 | 0.048 | 0.405 | 0.159 | 0.318 | 0.227 | 0.091 | 0.136 | 0.045 | 0.119 | 0.182 | 0.023 | 0.045 | 0.023 | 0.023 | 0.045 | 0.045 | 0.119 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
15.2 | 0.048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
15.3 | 0.024 | 0.023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
16 | 0.048 | 0.045 | 0.068 | 0.136 | 0.023 | 0.048 | 0.158 | 0.184 | 0.167 | 0.119 | 0.048 | 0.05 | 0.071 | 0.024 | 0.262 | 0.182 | 0.364 | 0.091 | 0.045 | 0.023 | 0.205 | 0.159 | 0.071 | 0.409 | 0.023 | 0.159 | 0.023 | 0.091 | 0.091 | 0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
16.1 | 0.068 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
16.3 | 0.095 | 0.023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
17 | 0.024 | 0.045 | 0.091 | 0.023 | 0.023 | 0.238 | 0.105 | 0.237 | 0.024 | 0.048 | 0.381 | 0.024 | 0.095 | 0.318 | 0.068 | 0.023 | 0.114 | 0.068 | 0.159 | 0.048 | 0.182 | 0.045 | 0.045 | 0.091 | 0.119 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
18 | 0.023 | 0.023 | 0.31 | 0.053 | 0.053 | 0.048 | 0.048 | 0.095 | 0.119 | 0.273 | 0.182 | 0.023 | 0.023 | 0.114 | 0.045 | 0.114 | 0.167 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
18.1 | 0.048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
18.3 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
19 | 0.167 | 0.026 | 0.079 | 0.024 | 0.19 | 0.023 | 0.045 | 0.023 | 0.159 | 0.091 | 0.023 | 0.025 | 0.159 | 0.095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
19.3 | 0.053 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
20 | 0.023 | 0.071 | 0.026 | 0.071 | 0.024 | 0.023 | 0.045 | 0.114 | 0.159 | 0.025 | 0.091 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
20.3 | 0.184 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
21 | 0.048 | 0.053 | 0.095 | 0.095 | 0.114 | 0.023 | 0.114 | 0.159 | 0.1 | 0.023 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
21.3 | 0.105 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
22 | 0.286 | 0.119 | 0.273 | 0.023 | 0.182 | 0.045 | 0.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
22.2 | 0.045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
22.3 | 0.053 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
23 | 0.19 | 0.119 | 0.227 | 0.045 | 0.182 | 0.045 | 0.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
23.2 | 0.114 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
23.3 | 0.026 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
24 | 0.143 | 0.167 | 0.114 | 0.045 | 0.023 | 0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
24.2 | 0.023 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
25 | 0.048 | 0.023 | 0.071 | 0.182 | 0.023 | 0.159 | 0.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
26 | 0.071 | 0.023 | 0.114 | 0.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
26.2 | 0.045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
27 | 0.024 | 0.205 | 0.025 | 0.023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
27.2 | 0.023 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
28 | 0.214 | 0.045 | 0.023 | 0.023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
29 | 0.214 | 0.114 | 0.023 | 0.023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
29.3 | 0.045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
30 | 0.19 | 0.045 | 0.136 | 0.025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
30.2 | 0.023 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
30.3 | 0.091 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
31 | 0.119 | 0.159 | 0.136 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
31.2 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
31.3 | 0.182 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
32 | 0.114 | 0.045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
32.2 | 0.071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
32.3 | 0.068 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
33 | 0.205 | 0.091 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
33.2 | 0.048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
33.3 | 0.068 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
34 | 0.091 | 0.159 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
34.1 | 0.024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
34.3 | 0.068 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
35 | 0.071 | 0.114 | 0.068 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
35.3 | 0.023 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
36 | 0.136 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
37 | 0.159 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
38 | 0.045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
39 | 0.023 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
40 | 0.023 |